Contrairement aux marchés fédéraux, il existe pour les marchés publics cantonaux des voies de droit étendues, et ce à tout le moins lorsque la valeur du marché atteint la valeur seuil déterminante pour la procédure sur invitation (art. 52 al. 1 AIMP), autant dans le domaine des accords internationaux qu’en-dehors. Ces obligations proviennent pour les cantons de la LMI (art. 9 al. 2 LMI). Pour les fournitures, services et des travaux de construction de second-œuvre, la valeur seuil pour la procédure sur invitation se monte à CHF 150'000, pour les travaux de construction de gros œuvre à CHF 300'000. Les cantons peuvent étendre les voies de droit à des marchés publics d’une moindre valeur. Les soumissionnaires étrangers ne peuvent faire recours contre des décisions relatives à des marchés non soumis aux accords internationaux que si l’État dans lequel ils ont leur siège accorde la réciprocité (art. 52 al. 4 AIMP).

Alors que sous l’ancien droit certains cantons (BE, FR) avaient une procédure de recours composées de plusieurs instances au sein du canton, l’AIMP révisé prévoit que le tribunal administratif cantonal est la seule autorité de recours cantonale.

Le recours peut être introduit uniquement contre l’appel d’offres (y compris sa modification), la décision concernant le choix des participants à la procédure sélective, la décision d’inscrire un soumissionnaire sur une liste ou de l’en radier, la décision concernant les demandes de récusation, l’exclusion d’un soumissionnaire, l’interruption de la procédure, le prononcé d’une sanction, l’adjudication et sa révocation (art. 53 al. 1 AIMP). Les prescriptions contenues dans l’appel d’offres et dont l’importance est identifiable, doivent sous le nouveau droit être contestées dans le cadre d’un recours contre l’appel d’offres (art. 53 al. 2 AIMP). Sous l’ancien droit, il était possible d'attendre la prochaine décision sujette à recours de l’adjudicateur.

A qualité pour recourir toute personne qui a un intérêt particulier digne de protection à l’annulation de la décision, en particulier le concurrent qui a été écarté de la procédure, dès lors qu’il a une chance réelle de se voir adjuger le marché si son recours était admis. Le recours est introduit contre l’adjudicateur. Les autres parties impliquées dans la procédure peuvent intervenir, notamment l’adjudicataire.

Les griefs invoqués peuvent être la violation du droit fédéral, y compris l’excès ou l’abus du pouvoir d’appréciation (par ex. l’évaluation incorrecte d’un critère d’adjudication), et la constatation incorrecte de l’état de fait. Le grief d’inopportunité est exclu (art. 56 al. 4 AIMP). Le choix de l’offre la plus avantageuse est largement une question d’appréciation réservée à l’adjudicateur.

Le recours doit être doit être déposé auprès du tribunal administratif selon le nouveau droit dans un délai de 20 jours à compter de la notification de la décision (art. 56 al. 1 AIMP), alors que sous l’ancien droit, le délai de recours n’était que de 10 jours. Le mémoire de recours doit contenir les conclusions et leur motivation.

Le recours n’a pas d’effet suspensif. Le tribunal administratif peut accorder l’effet suspensif sur demande uniquement (art. 54 al. 2 AIMP ; cf. chapitre Effet suspensif).

Si le tribunal administratif admet le recours et si le contrat d’acquisition n’a pas encore été conclu, le tribunal administratif annule la décision attaquée. En règle générale, les tribunaux renvoient l’affaire à l’adjudicateur avec des instructions contraignantes, mais ne prend pas lui-même la décision d’adjudication. Si le contrat est déjà conclu, le tribunal ne peut que constater le caractère illicite de la décision. Sous l’AIMP révisée, le tribunal statue en même sur une éventuelle demande en dommages-intérêts (art. 58 al. 3 AIMP). Cela contraste avec la loi antérieure, selon laquelle les dommages-intérêts ne pouvaient être réclamés que dans le cadre d'une procédure en responsabilité postérieure. Les dommages-intérêts prévus dans l’AIMP sont limités aux dépenses que le soumissionnaire a dû engager en relation avec la préparation et la remise de son offre (art. 58 al. 4 AIMP).

La procédure de recours est payante dans tous les cantons. Les frais et dépens dépendent généralement de l’issue de la procédure.

La décision cantonale (de dernière instance) peut être attaquée devant le TF au moyen du recours en matière de droit public, ou subsidiairement du recours constitutionnel subsidiaire, selon les conditions définies dans la LTF (cf. chapitre Recours au Tribunal fédéral).